Miklar sveiflur hafa orðið í bakteríuflóru Mývatns en eitt af því sem hefur áhrif á ástand vatnsins og vistkerfið er fráveituvatn frá nærliggjandi byggð. Í reglugerð um verndun Mývatns og Laxár er þess krafist að skólp sé hreinsað með ítarlegri en tveggja þrepa hreinsun. Ákveðið var að fara í úrbótaaðgerðir á fráveitumálum við Mývatn sem ganga út á að aðskilja svartvatn (salernisskólp) frá grávatni (skólpi frá baði, þvottahúsi og eldhúsi), og endurnýta næringarefni í svartvatninu til að uppgræðslu á landgræðslusvæðinu Hólasandi. Verkefnið er unnið fyrir Skútustaðahrepp, í samstarfi við Landgræðsluna. Sveitarfélagið og rekstraraðilar munu skipta hefðbundnum vatnssalernum út fyrir vatnssparandi salerni sem nota 6-9 sinnum minna vatn en hefðbundin salerni. Einnig verður fjárfest í lokuðum tönkum til geymslu á salernisskólpi en grávatn verður hreinsað í núverandi rotþróm og siturbeðum innan lóðar hjá hverjum aðila. Áætlað er að byggja geymslutank á Hólasandi sem safnar svartvatninu sem nýtist sem áburður á sumrin á svæðinu. Þessi fráveitulausn er ný af nálinni á Íslandi en hefur verið notuð í nágrannalöndum okkar.